보문사는 635년(선덕여왕 4)에 회정(懷正)이 창건하였다고 하는데, 649년(진덕여왕 3)에 어부들이 불상과 나한 · 천진석상 22구(軀)를 바다에서 건져내어 천연석굴 안에 봉안함으로써 널리 알려지기 시작하였습니다.
입구에 3개의 홍예문을 설치하고 천연동굴 내에 반월형 좌대를 마련하고 탱주(撑柱)를 설치하였는데, 탱주 사이에 21개의 감실(龕室)이 있어 거기에 석불을 안치하였습니다. (현재 이 석실은 지방유형문화재 제57호로 지정되어 있습니다)

또 1928년에는 절 뒤편 절벽에 높이 32척 너비 12척의 관음상을 새겼습니다.
이 마애석불좌상(磨崖石佛坐像)은 1928년에 금강산 표훈사(表訓寺)의 승려인 이화응(李華應)이 보문사 주지 배선주와 함께 조각한 것으로, 높이 9.2m, 폭 3.3m입니다.

석불좌상의 상부에는 거대한 눈썹바위가 있고, 좌측에는 비명(碑銘)이 있으며, 불상 앞에는 소규모의 석등이 있으며,
이 석불과 석굴에서 기도를 하면 아이를 가질 수 있다고 하여 찾는 여인의 발길이 그치지 않았다고 합니다.
(현재 지방유형문화재 제65호로 지정되어 있습니다.)